Após a explosão da Lua Praxis, os Klingons são obrigados a propor um acordo de paz para garantir a sobrevivência de sua espécie. A tripulação da Enterprise é convocada a escoltar a missão diplomática klingoniana até o local da reunião, mas a nave é atacada e o seu chanceler acaba sendo morto. O pior é que tudo indica que o ataque partiu da própria Enterprise.
Com: DeForest Kelley, Leonard Nimoy, William Shatner
Interrompendo uma folga que tiravam enquanto a Enterprise passava por reparos, capitão Kirk (William Shatner) e sua equipe são chamados para uma missão urgente: em um planeta onde representantes de mundos inimigos se encontram pacificamente, vários embaixadores foram seqüestrados por Sybok (Laurence Luckinbill), um renegado do planeta Vulcano. Sybok é meio-irmão de Spok (Leonard Nimoy) e tem o dom de ajudar as pessoas a enfrentarem seus medos. Ele rapta a Enterprise e sua tripulação, forçando-os a levá-lo para os limites da Galáxia, pois acredita que lá existe um planeta onde a vida teve origem, onde está Deus.
Com: DeForest Kelley, Leonard Nimoy, William Shatner
O mundo está à beira da destruição. Uma sonda desconhecida está sugando os mares do planeta. A tripulação da Enterprise, em uma pequena nave roubada dos Klingons, volta ao ano de 1986, em São Francisco, onde pretende encontrar a única coisa capaz de impedir a destruição do mundo: as baleias-corcundas, uma espécie extinta no século 23.
Com: DeForest Kelley, Leonard Nimoy, William Shatner
A tripulação volta e inicia, como de costume, reparos na nave. O problema é que a derrota de Khan e a criação do planeta Genesis não representaram grande vitória, pois Spock morreu e McCoy ficou inexplicavelmente louco. Com a chegada surpresa de Sarek, todos descobrem que, na verdade, McCoy está hospedando a essência do amigo Spock. Agora todos deverão partir, às pressas, com a U.S.S. Enterprise roubada para tentar salvar os dois amigos que sofrem com essa inesperada transformação.
No século 23, James T. Kirk (William Shatner) está se sentindo obsoleto. A viagem que ele é escalado para fazer na sua antiva nave Enterprise – trasnformada numa academia de treinamento da Starfleet – também não o ajuda. Mas a missão de treinamento acaba se tornando mais perigosa quando o maldoso Khan (Ricardo Montalban) reaparece após anos de isolamento.
Uma gigantesca e poderosa entidade alienígena entra no espaço da Federação, destruindo três cruzadores Klingons e neutralizando tudo em seu caminho. Enquanto ruma para a Terra, o Almirante James T. Kirk (William Shatner) assume o comando da nova USS Enterprise e estabelece curso para interceptar o descomunal agressor.